L'action se déroule dix ans après l'histoire originale. Elle débute à Domino City, nouveau nom de la ville en ruines où participa Yugi à ses derniers matchs. Le nouveau protagoniste est un duelliste du nom de Yûsei...
Ce manga fait partie d'un projet "mediamix" visant à continuer à faire vivre la licence. Yu-Gi-Oh ! 5D's a d'abord existé en série TV (elle est actuellement diffusée en France sur Mangas et Canal J). Cette transposition en manga est publiée depuis un an au Japon dans le magazine V Jump. Elle compte actuellement 3 tomes et n'est plus du tout dessinée par Kazuki Takahashi qui ne garde qu'un rôle de consultant et de superviseur.