Le studio Bones a été créé par les transfuges des studios Sunrise : Masahiko Minami (producteur), Hiroshi Ôsaka (animateur) et Toshihiro Kawamoto (character designer). Ils venaient tous les trois d'achever la série Cowboy Bebop et leur premier project sera d'ailleurs de réaliser le film, Knochin' on Heaven's Door.
Depuis, le studio a enchaîné les succès avec des séries aussi populaires que de qualité : FullMetal Alchemist, Wolf's Rain, Darker than Black ou encore Soul Eater. En 2007, le studio réalise son premier long métrage original: Sword of the Stranger.