Nippon Animation est né de la faillite du studio Zuiyô, en 1975. Il est fondé par Kôichi Motohashi qui le présidera jusqu'à sa mort, en 2010.
Pendant longtemps, Nippon Animation s'est spécialisé dans les adaptations d'œuvres classiques familiales du monde entier, jusqu'en 1997. Désormais, la studio produit des séries de toutes sortes mais il travaille aussi beaucoup en coproduction avec l'étranger.