Vegetal Manga était d'abord un magasin de livres à Bordeaux avant de se lancer dans l'auto-édition de manga en 2002. Le premier titre publié est "La Vie en Rose" de Yun Koga. Fin 2002, Vegetal Manga rejoint les éditions Soleil qui leur confie la constitution de leur première collection de manga. Certains titres parus chez Vegetal Manga sont republiés chez Soleil, Vegetal devenant le nom de la collection. Cette collaboration prend fin en 2005, à la suite de quoi Soleil continue seul de s'occuper de sa collection.
En 2006, Vegetal Manga Shoten devient Vegetal Shuppan, plus orienté vers l'art et la culture underground.