Yôichi Kotabe est marié à l'animatrice Reiko Okuyama. Ils ont souvent travaillé ensemble sur une même œuvre.
Depuis 1986, Kotabe est conseillé artistique chez Nintendo. Il supervise la création de toutes les séquences d'animation de Pokémon, que ce soit pour le jeu ou l'anime.
Venu en France en décembre 2003 à la 3e édition des Nouvelles Images du Japon, à Paris.