Ici, foin de l’ambiance mélancolique et mystique de la série d’origine : on découvre un Evangelion revisité à la sauce comédie romantique. Shinji vit avec ses parents et se voit réveillé tous les matins par son amie d’enfance Asuka, secrètement amoureuse de lui. Mais lorsque la très jolie Rei s’installe chez lui, Asuka se sent menacé et ne sait plus comment garder Shinji auprès d’elle. D’autant que Rei semble apprécier Shinji…