2002. Alors que les robots Labor sont de plus en plus employés pour des opérations aussi bien civiles que militaires, une division policière spécial, Patlabor, est créée afin de combattre les criminels qui utiliseraient cette technologie.
La destruction d'une équipe de Labor de l'ONU en Asie du Sud-Est marque le début d'une action terroriste : Tsuge, instructeur et ancien amant de Nagumo, construit une toile mortelle qui menace les structures militaires et gouvernementales du Japon...