L'histoire débute un jour pendant l'époque féodale au Japon. Deux samouraïs Jin et Mugen, l'un cherchant la justice et l'autre les défis ; tout les deux douer pour le maniement du sabre se verront attribuer la lourde tache de supporter une gamine de 15 ans qui recherche un samouraï qui sent le tournesol. Réputés invincibles, ils vont devoir lutter contre ceux qui voudront se faire une réputation en les défiant.
Le Champloo est un repas typique de l’île d’Okinawa, au sud du Japon. C’est une sorte de plat avec plusieurs ingrédients mélangés. Le titre du dessin animé signifie tout simplement que la série est un mélange de beaucoup de choses : des samouraïs, des hommes d’aujourd’hui, de la musique classique, du hip-hop, et diverses autres références.
Après les 17 premiers épisodes, la série a fait une pause au Japon pour ne reprendre et s'achever en janvier 2005.