Mai Tokiha et son jeune frère Takumi débarquent pour leur nouvelle école, l'académie Fûka, où ils viennent dêtre transférés. Dès leur arrivée, ils vont rencontrer de mystérieuses filles dotées de pouvoirs de matérialisation incroyables . Mai va bientôt prendre conscience de son propre pouvoir et de sa nature de HiME : de puissantes combattantes pouvant invoquer des Child, des entités redoutables. Cette force innée se révélera indispensable pour protéger son frère contre des monstres appelés Orphan, ou encore pour combattre des rivales, car il appartient à toute HiME de choisir son destin et son camp.
Mais la puissance de chacune connaît un revers tragique, car de tels pouvoirs ne s'acquièrent qu'en mettant en jeu ce qui est leur est le plus cher ...