Lors d'une de ses nombreuses batailles, Seiya a affrontré Mars, dieu de la guerre, qu'il a emprisonné. Mais aujourd'hui, il est sur le point de revenir et de s'en prendre à Athena.
Entre temps, cette dernière s'est occupée d'un bébé que Seiya a sauvé de la mort : Kôga. Devenu un adolescent, le jeune homme va devoir endosser l'armure de Pégase. Il sera accompagné de Sôma (Chevalier du Lionceau), Ryûhô (Chevalier du Dragon), Yuna (Chevalier de l’Aigle), Eden (Chevalier d’Orion) et Haruto (Chevalier du Loup).
Chronologiquement, l'histoire se situe plusieurs années après la fin du manga original.
Le lancement de cette nouvelle série s'est fait en grande pompe : le premier épisode a été dévoilé deux jours avant sa diffusion, lors d'une soirée spéciale retransmise à Taiwan, au Brésil et même en France.
Shingo Araki, character designer de la série de 1986, a participé (avec Michi Himeno) à quelques animations clé du premier épisode, peu avant son décès fin 2011.