Alors qu’ils visitaient la cité de Machu Pichu, Keroro et son équipe tombent dans un piège, où ils font la connaissance d’une étrange fille. De retour à Tôkyô, les voilà confrontés à un sosie de Keroro et ses sbires Shibaba, Doruru et Miruru. Horreur ! Ils veulent eux aussi envahir la Terre…