Notre grenouille préférée va accidentellement libérer Kilulu, (une arme secrète de la planète Keron pour détruire des planètes) qui s’empressera d’appliquer son processus de destruction des consciences. Ce dernier à le pouvoir de faire apparaître un X sur le front des êtres vivants (Keroro sera le premier) qu’il souhaite annihiler...