La jeune Asuna a hérité de son père un cristal musical. Elle entend une mystérieuse chanson et n’arrive plus à la sortir de sa tête. C’est alors qu’elle rencontre Shun, un jeune garçon qui vient d’Agharta, un monde souterrain. Mais ce dernier disparaît et Asuna part à sa recherche. Elle rencontre sur son chemin Shin, un garçon ressemblant comme deux gouttes d’eau à Shun, et le professeur Morisaki qui cherche sa femme disparue depuis des années. Leur aventure commence…