Le gouverneur de Tôkyô est en danger. Alors qu’il est dans un métro avec de grands pontes, il reçoit une menace de mort. Conan réussit à déjouer l’attentat, mais le métro explose. Il découvre alors qu’un autre attentat pourrait être en route. Cette fois, Conan doit se rendre dans un petit village de montagne pour comprendre les origines du danger. Quels sont les liens entre ce village, un jeune amnésique et la construction d’un barrage ?