Kenshin est un samouraï sans maître au passé mystérieux. Le Shogunat de la lignée des Tokuwaga règne encore en maître sur un Japon divisé, désormais soumis à la pression des gouvernements étrangers. Depuis l'arrivée de l'Amiral américain Perry en 1883 et de ses puissants navires noirs, les bases du Bakufu (gouvernement de Shogun) ont commencé à céder. Seule la force de clans meurtriers comme le Shinsen-Gumi (surnommés les Loups de Mibu) parviennent à maintenir un semblant d'ordre dans la capitale Impériale...
Il existe un épisode #95 « fantôme » qui ne fut jamais diffusé à la télévision au Japon, mais proposé directement en vidéo. Il ne s’agit pas d’une conclusion, mais d’un dernier retour sur les personnages et leurs relations, telles qu’ils ont été laissés après 94 épisodes.