Sacha et ses amis arrivent à Crown City pour regarder la Pokémon Backer World Cup. Durant leur voyage ils rencontrent un Pokémon nommé Zorua qui est seul, à la recherche de son ami. Ils décident alors de le laisser venir avec eux afin de pouvoir l'aider. C'est alors qu'un mystérieux Pokémon nommé Zoruark "Le maître de l'illusion" apparait sous les traits de Raikou, Suicune et de Entei, détruisant la ville de Crown City ! Au même moment, Célébi arrive dans la ville après un bon de 20 ans depuis le passé...
C'est dans ce film qu'apparaissent les deux premiers Pokémon de la 5e génération : Zorua, qualifié de « Sombrenard », et Zoroark, qualifié de « Polymorfox ». Il désigne le fameux Maître de l'illusion capable de se métamorphoser en n'importe qui, n'importe quand et n'importe où.