Nous sommes au XIXe siècle dans la ville d’Edo, assailli soudainement d’extraterrestres, les Amanto. C’est aussi l’époque où l’on décide d’abolir l’utilisation des épées, ce qui a pour résultat de faire disparaître les samouraïs. Gintama Sakata n’a pourtant pas renoncé à l’esprit du bushidô. Il se promène avec un sabre et même si celui-ci n’est qu’en bois, il lui attire des problèmes. Il est accompagné de son apprenti Shinpachi (qui voudrait se destiner à l’escrime) et d’une jeune fille nommée Kagura (de la famille des « lapins de la nuit ») avec lesquels il mène de petites enquêtes.