Il s’est écoulé 14 ans depuis le grand cataclysme du « Hammer of Eden » où un énorme météore est entré en collision avec la Terre. Ce jour-là, il détruisit 90% de la surface terrestre et ôta d’un coup la vie à six milliards d’êtres humains. Les hommes vivent aujourd’hui perdus entre désespoir et résignation. Kil est un jeune garçon de 14 ans vivant dans une petite cité, Yavitz. Il apprécie énormément Isla, une jeune fille de 16 ans. La vie de Kil s’écoule calmement jusqu’à l’apparition soudaine d’un sous-marin nucléaire, le « Ulysse », qui va changer sa vie.