Un groupe de ninjas inconnu attaque Konoha en faisant un maximum de dégâts sur les lieux et sur ses habitants. Une nouvelle bataille se prépare. Hinata rejoint Sakura tandis que Naruto est en mission dans un village où plusieurs victimes ont besoin d’aide. On fera la connaissance de Shinnô, un très grand médecin, et d'un jeune orphelin qui désire faire de la médecine son métier.