Ed et Al sont deux frères qui ont hérité du pouvoir d’alchimiste de leur père disparu. Ils décident d’utiliser leur don pour ressusciter leur mère. Mais comme il faut toujours donner quelque chose en échange, Ed perd une jambe et Al, son corps tout entier. Pour le sauver et le sceller dans une armure de fer, Ed offre également son bras droit. Dans une atmosphère de guerre, le monde est surveillé par les alchimistes d’état. Les frères décident de s’engager pour trouver une solution à leur problème.
Cette série est un remake plus fidèle au manga original de Hiromu Arakawa.
Une premier doublage en français diffusé fin 2009 sur Virgin 17 proposait un casting un peu différent : François Creton (Ed), Julien Chatelet (Roy Mustang), Jérôme Keen (Vato Falman) et Vincent Violette (Gluttony) ont finalement été remplacés par les voix d'origine.
L'histoire des 13 premiers épisodes est presque la même que dans la saison 1. Dès l'épisode 14, elle prend un autre direction.