Aruto est un lycéen qui n’a qu’une seule passion : le roman Alice de Alternate L.Takion. Or, un troisième volume de cette saga est censé avoir été écrite mais personne ne l’a jamais lu. Un soir, Aruto surprend une jeune fille nommée Arisu qui, à l’aide d’une clef géante, vole l’histoire d’une autre fille. Il découvre alors que plusieurs Alice se battent pour réunir l’histoire entière de l’Alice sans fin. C’est ainsi qu’Aruto, sa sœur et Arisu se mettent en quête des morceaux déchus...