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Mabase, petite ville tranquille du Japon. En rentrant chez lui, Naota, jeune écolier de 12 ans qui entretient des relations conflictuelles avec son père, se fait renverser par une furie en vespa, l'extravagante Haruko. Le lendemain, il apprend que son père a engagé Haruko en tant que gouvernante. Depuis ce jour, Naota voit d'étranges créatures mécaniques sortir de son crâne. Plus tard, une nuit, alors qu'il va rejoindre Mamimi, la petite amie de son frère, il est attaqué par un étrange robot dont l'origine semble étroitement liée à l'énorme usine en forme de fer à repasser, Medical Mechanica, qui enfume la paisible ville de Mabase...