An 2034. Cela fait deux ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau capitaine de la section qui s'est depuis bien agrandie. La nouvelle section 9 est confrontée à un hacker de premier plan, le "Puppeteer". Après plusieurs investigations Batô se retrouve avec Motoko. Cependant un doute lui vient à l'esprit : Motoko serait-elle le "Puppeteer" ?
Diffusé d'abord sur une chaîne Pay per View, cette OAV a ensuite fait l'objet d'une petite sortie en salles, avant d'arriver sur le marché de la vidéo le 24/11/2006.
L'anime a fait l'objet d'une ressortie au Japon au cinéma le 26/03/11 en 3D relief avec une séquence d’introduction totalement inédite.